La prima legge organica in materia di vigilanza da parte dello Stato sugli archivi sia privati che degli enti pubblici è quella del 1939 (legge 22 dicembre 1939, n. 2006, Nuovo ordinamento degli Archivi del Regno), che si inscrive in quel corpus di leggi emanate nello stesso periodo dal regime fascista sulle "cose di interesse storico e artistico", oggi ricomprese sotto il concetto ampio di "beni culturali". La legge del 1939 riordinava gli Archivi di Stato e ridefiniva le funzioni di vigilanza sugli archivi degli enti pubblici non statali e sugli archivi privati; analogamente ai beni storico-artistici, le maggiori novità riguardavano soprattutto gli archivi privati: una volta accertato che un archivio privato rivestiva particolare interesse storico, il soprintendente archivistico competente per territorio era tenuto ad emanare un atto amministrativo di carattere vincolistico (atto di notifica), da cui discendeva una serie di limiti per il proprietario. A partire dal 1939, gli archivi privati venivano sottoposti a tutela al pari degli archivi pubblici, e per attuare una efficace vigilanza sul patrimonio archivistico non statale, venivano reintrodotte le Soprintendenze archivistiche, in numero di 9 e quindi con competenze territoriali assai ampie (Torino, Genova, Milano, Venezia, Bologna, Firenze, Roma, Napoli, Palermo), tali da risultare con il passare del tempo inadeguate.

Le Soprintendenze archivistiche hanno assunto questa nuova denominazione nel 2016, a seguito della riorganizzazione del Ministero, ad eccezione che nelle Regioni Friuli Venezia Giulia, Sardegna e Sicilia e nelle provincie autonome di Trento e Bolzano.

Suo compito primario è la tutela e vigilanza degli archivi degli enti pubblici territoriali e non territoriali, degli archivi o singoli documenti di proprietà privata di particolare interesse culturale e dei beni bibliografici non statali che si trovano nel territorio di competenza.

A seguito dell'intesa stipulata tra il Ministero della cultura e la Conferenza episcopale italiana, la Soprintendenza  collabora anche con le istituzioni ecclesiastiche per la tutela e la salvaguardia dei loro beni archivistici e bibliografici.

Svolge attività di promozione e valorizzazione, coordinandosi con la Regione, gli altri enti territoriali e tutti i soggetti, pubblici e privati, a ciò interessati.